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Die biologische Reinigung ("Zweite Reinigungsstufe") erfolgt auf der Abwasserreinigungsanlage Göttingen in einer Belebungsanlage aus drei Kaskaden mit jeweils zwei Becken. Diese Becken sind sieben Meter tief und fassen insgesamt 34.530 m³. Damit ist das Belebungsbecken das größte Becken auf der gesamten Anlage.
Durch den gezielten Einsatz von Bakterien, die sich von gewässerbelastenden Stoffen ernähren, können Kohlenstoff und Stickstoff aus dem Abwasser entfernt werden. Phosphor wird chemisch gebunden und an den Belebtschlammflocken angelagert.
Das Belebungsbecken wird in belüftete und unbelüftete Bereiche unterschieden. Das Abwasser durchläuft diese nacheinander. Im unbelüfteten Bereich wird das im Abwasser enthaltene Nitrat durch anaerobe Bakterien in Stickstoff umgewandelt. Dieser Vorgang wird auch als Denitrifikation bezeichnet. Durch installierte Rührwerke werden die Mikroorganismen in der Schwebe gehalten und vermischt.
Bei der anschließenden Nitrifikation wird feinblasig Druckluft eingetragen. Die hier befindlichen aeroben Bakterien entnehmen daraus den zum Kohlenstoffabbau und zur Aufoxidierung von Ammonium zu Nitrat benötigten Sauerstoff. Die Biologie schließt mit der Nitrifikation ab. Das in die Nachklärung geleitete Wasser enthält dann ca. 5–6 mg/l Nitrat-Stickstoff.
Die Masse an Bakterien wird Belebtschlamm genannt. Über einen Rücklauf wird dieser Belebtschlamm kontinuierlich dem ersten Kaskadenbecken wieder zugeführt.
Die hier angewandten Prozesse laufen ähnlich wie bei der Selbstreinigung von Gewässern in der Natur ab. In der Abwasserreinigungsanlage werden allerdings bessere Bedingungen für das Bakterienwachstum geschaffen.
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